.
Зимой 1803-1804 гг. Льюис и Кларк набрали в свой «Отряд первопроходцев» 40-45 крепких парней и начали их тренировать при впадении Миссури в Миссисипи, там, где ныне стоит город Сент-Луис. Экспедиция была настолько умело и тщательно подготовлена, что в ходе ее погиб лишь один человек. В состав участников входили молодые ребята из Кентукки, канадцы французского происхождения и чернокожий слуга Кларка Йорк. Вместе с Кларком весь путь с исследователями прошел и его ньюфаундленд по кличке Симен. Путевые дневники вели не только руководители экспедиции, но и некоторые ее рядовые участники.
В мае первопроходцы отправились вверх по течению реки на трех килевых шлюпках 16,75 м длиной, имевших осадку 90 см, оснащенных веслами и парусами, а также на двух небольших пирогах. Лошади, сопровождавшие участников экспедиции, шли берегом. Кларк обычно возглавлял тех, кто плыл по реке, а Льюис с остальными шел берегом, причем оба описывали в дневниках образцы встречавшейся им флоры и фауны.
Они неспешно продвигались вверх по Миссури мимо мест, где ныне стоят Канзас-сити и Сиу-сити. Было очень жарко, всех страшно мучили мошкара и клещи. На ранних этапах путешествия всеми методами, вплоть до телесных наказаний вводилась жесткая дисциплина. В сентябре участники экспедиции впервые увидели степных собак, которых назвали «лающими белками», а также огромные стада бизонов в прериях. Они опасались проблем с индейцами племени сиу, однако твердость, присутствие духа, а временами и хитрость позволили экспедиции без единого столкновения пройти через их территории. В октябре они достигли первого поселения индейцев мандана в верховьях Миссури, недалеко от нынешнего Стэнтона в Северной Дакоте. Индейцы отнеслись к ним дружелюбно, и участники экспедиции решили там обосноваться на зимовку. Они построили хижины, обнесли их стеной, а вместо килевых шлюпок, которые были слишком велики для продолжения путешествия вверх по реке, выдолбили каноэ. От местных жителей путешественники получили много интересной информации о землях, лежащих дальше к западу, где им предстояло разжиться лошадьми у индейцев «змеиного» племени шошони. Участникам экспедиции очень повезло: они встретили молодую женщину из этого племени, которая стала их проводником. Ее звали Сакаджавеа, когда она была еще девочкой, ее выкрали индейцы враждебного племени и продали франко-канадскому торговцу по имени Туссен Шарбонно. Он находился в селении вместе с ней и их двухмесячным сыном. Когда путешествие продолжилось, Сакаджавеа несла малыша в люльке на спине.